长崎孔子庙据推测始建于1893年（明治26年），坐落在长崎市大浦町32番地，占地面积为3300平方米，全部由日本职业匠人施工。孔庙的正殿为“大成殿”，殿内供奉着孔子像，大成殿后侧有“崇圣殿”，供奉着孔子的父亲叔梁纥和祖先五代的灵牌。除此之外庙内还设有“表门”、“石门”、“会门”、“净手处”，是纯粹的中国式建筑。

1983年长崎孔子庙创建九十周年之际，孔子庙又进行了一次改修，把大成殿后侧的唐人馆修建成了中国历代博物馆。

1986年长崎孔子庙开始恢复了祭孔盛典活动。现在孔子庙每逢孔子诞辰纪念日都基本上按照古代形式，穿戴上古时衣帽等举行隆重的祭孔活动。长崎的一些有志华侨为此曾专访过山东曲阜孔子庙拜师请教，就此专门进行了学习。为了能够仿古尽可能再现古时祭孔仪式，盛典活动时穿戴的饰服、用具（大伞、大扇、提灯、香炉、刀等）全都是从国内专购来的。

当日不仅是长崎华侨和当地居民，各地的侨领和华侨也都专程前来参加。此孔子诞辰盛典活动在长崎华侨社会已作为一个新的习俗，融合进了长崎华侨的生活中。

长崎孔子庙固有“日本中的中国”之称，在日本人中间也颇具名气和影响。随着时代的发展，现在长崎孔子庙中国历代博物馆在日本已作为财团法人登记注册，为促进中日两国的友好往来，还从事国际文化交流活动，每年不仅为来日的中国自费留学生提供奖学金，还为中日有关方面的文化交流活动，提供各种力所能及的援助和资助。